西晉永嘉大亂后，匈奴、羯、鮮卑、氐和羌五個少數民族進入中原，在北方建立了許多割據小國，而北方氏族和一般民眾則大量南遷到長江流域。三國時期，吳國的圍棋迅速發展，使圍棋活動的重心已經出現偏南的趨勢，而晉末的動亂則使圍棋活動的重心徹底地南移，北方圍棋一度出現了停滯和衰退的現象。后來，隨著各少數民族對漢族先進文化的吸收和各民族文化的融合，北方的圍棋又恢復和發展起來。像鮮卑族建立的前燕，氐族建立的后涼等，圍棋還比較流行。

　　前燕最著名的棋手是羅騰。羅騰字寂龍，棋藝相當高，究盡其妙，獨步當時。后涼王呂纂本人就好圍棋，曾同方外棋手鳩摩羅什下棋。鳩摩羅什是著名高僧，棋藝也很不錯，據說他與人下棋，能使對手死于處成龍鳳形。

　　南北朝時期，北方以北魏最為強大，經濟文化比較發達，圍棋愛好者很多，而且棋藝水平也很高。北魏太武帝拓跋燾酷愛圍棋，他下棋有時竟到了不理政事的地步。《魏書·古弼傳》載，古弼有一次入宮陳奏，正碰上魏太武帝與給事中劉樹下棋，由于他專心紋枰，根本不聽古弼的陳說，性格素直的古弼氣得抓住劉樹的頭，一把把他拉下坐床，又揪他的耳朵，又用拳打他的后背。并說：“朝廷不理，實爾之罪。”魏太武帝這才趕緊放下圍棋說：“不聽奏事，實在朕躬，樹何罪，置之！”叫古弼放了劉樹，并聽取陳奏。這個給事中劉樹，看來也是因棋侍從皇帝的專職棋官。由于他地位很低，只能忍氣吞氣地代皇帝受過。

　　文人士大夫中，最著名的圍棋愛好者有魏子建、李韶、甄琛、裴詢、張僧皓等。

　　北魏最著名的棋手是范寧兒。范寧兒字號里籍均不見記載，《魏書·蔣少游傳》說他“善圍棋”。孝文帝在位時（471—499），曾隨散騎常侍李彪出使南齊。齊武帝蕭賾令名手王抗與之對局，結果范寧兒制勝而還。據《南史·齊武帝紀》載，南齊與北魏常有使臣往來。永明元年（483）到九年（491），北魏六次遣使來南齊。范寧兒隨使事，當即在這9年間。按理說，江南圍棋水平高于北方，王抗應取勝才對。但王抗是江南著名高手，擅名近20年，此時至少也有50多歲，他背有名手包袱，在御前與外使對弈不免緊張，加上精力不濟，結果輸了。這里面固然有偶然因素，但范寧兒的水平無疑也在江南高手之列。這說明從北魏孝文帝起，北朝圍棋已發展到一個新的水平了。而派棋手隨使南齊，表明北魏對圍棋是相當重視的。

　　北齊、北周的圍棋繼北魏之后又有發展。愛好者不少，著名的如河南王高孝瑜“復棋不失一道”，李搔“有才藝，音律、博弈之屬多所通解”。在對圍棋的認識上，也有了新的發展。黃門侍郎顏之推所著《顏氏家訓》說：

　　《家語》曰：“君子不博。”為其兼行惡道故也。《論語》云：“不有博弈者乎，為之猶賢乎已。”然則圣人雖不用博弈為教，但以學者不可常精，則倘為之，猶勝飽食昏睡，兀然端坐耳。至如吳太子以為無益，命韋昭論之，王甬、葛洪、陶侃之徒，不許目觀手執，此并勤篤之志也。能爾為佳。古為大博則六著，小博則二焭，今無曉者。此世所行，一焭十二棋，數術短淺，不足可玩。圍棋有手談、坐隱之目，頗為雅戲。但令人耽憒，廢喪實多，不可常也。

　　《顏氏家訓》是以儒家傳統思想教導子弟安身立命的，頗有影響。顏之推不主張玩博，因為數術短淺，而圍棋則是雅戲，可以下，但也不能常下。這代表了當時士大夫對圍棋比較普遍的看法，也反映出北齊圍棋開展的情況。

　　北齊最著名的棋手是王子沖。王子沖的字號里籍不詳。《歷代名畫記》載：北齊楊子華，天下號畫圣，時有王子沖者，善棋通神，號為“二絕”。他的棋勢廣泛流傳，敦煌寫本《棋經》中曾提到“子沖征法”，足見其征子之法十分歷害。他還撰有《棋勢》十卷，但后來失傳了。

　　總的看起來，北朝的圍棋沒有那種“晉宋盛士，逸思爭流”的繁榮氣象，愛好者的人數和棋藝水平也不及南朝。不過，百余年間也出過一些著名的高手，對圍棋的發展作出了貢獻。

　　公元581年，隋文帝楊堅廢掉周靜宗建立了隋朝。隋王朝的建立，結束了連綿三百多年的戰爭和南北分裂的局面，使國家重新歸于統一。這本是一個擴大圍棋文化交流促進圍棋活動發展，提高棋藝水平的極好機會。可是隋煬帝楊廣即位后，窮奢極欲，揮霍無度，殘暴荒淫的統治致使經濟凋敝，民不聊生。結果，從某種程度上說，圍棋活動非但未能得到發展，反而有所倒退。在隋王朝統治的數十年間，棋壇極為沉寂，沒出現過一個知名的棋手，也沒留下一部棋藝專著。