一、專著：

1. 《晚清佛學與近代社會思潮》，54萬字，臺灣文津出版社，1992年，繁體版；河南大學出版社，2005年8月，簡體版。被評為《中國學術年鑒》2005年優(yōu)秀著作、首屆“三個一百”原創(chuàng)出版工程圖書（新聞出版總署），獲首屆中國出版政府獎提名獎。
2. 《佛學與人生》，27.1萬字，中州古籍出版社，1993年。
3. 《湯用彤評傳》，27.8萬字，江西百花洲文藝出版社，1993年。
4. 《反觀人生的玄覽之路》，貴州人民出版社，1994年，18萬字。
5. 《歐陽竟無》，12萬字，臺灣商務出版社，1997年。
6. 《中國禪宗思想發(fā)展史》，51萬字，湖南教育出版社，1997年；修訂版，54.3萬字，獲教育部高等學校科學研究優(yōu)秀成果獎二等獎。
7. 《佛門舊蹤》，17萬字，江西教育出版社，2001年1月。
8. 《中國近代學術史》，62.8萬字，湖南師范大學出版社，2001年1月。
9. 《20世紀中國佛學問題》，33萬字，湖南教育出版社，2001年1月；修訂版，34.7萬字。
10. 《陜西通史》（思想卷·宋元部分），陜西師范大學出版社，1998年3月。
11. 《中國佛教百科全書·歷史卷·近代部分》，上海古籍出版社，2001年1月
12. 《境外談佛》，21萬字，花山文藝出版社，2004年3月。
13. 《中國宗教哲學史》，31.2萬字，人民出版社（北京）　2006年7月、8月。
14. 《梁啟超說佛》，25.6萬字，湖北人民出版社，2007年1月。
15. 《中國禪宗思想史略》，29.4萬字，中國人民大學出版社，2007年3月；《三寶齋學術著作四種》“名家學術”，武漢大學出版社，2007年4月。
16. 《禪宗文化大學講稿》（文理通識大課堂），19.6萬字，中國人民大學出版社，2007年8月。
17. 《如是我聞——麻天祥佛學與宗教哲學研究》，35萬字，中華書局，2010年1月。
18. 《指月——麻天祥隨筆初集》，20萬字，河南大學出版社，2009年9月（實際時間2010年2月）。
19. 《攬月——麻天祥隨筆二集》，19.4萬字，河南大學出版社，2010年1月（實際時間2010年2月）。

二、主編

1. 《民國學案》，六卷，350萬字，湖南教育出版社，2005年8月。
2. 《光山凈居寺與天臺宗研究》，香港天馬有限公司，2001年7月。
3. 《黃梅四祖寺與中國禪宗》，30萬字，湖北人民出版社，2006年7月。
4. 《佛學百年》，81.4萬字，武漢大學出版社，2008年6月。
5. 《20世紀佛學經(jīng)典文庫》，2008年出版6種：《漢魏兩晉南北朝佛教史》、《隋唐佛教史稿》、《印度哲學史略》、《胡適卷》、《歐陽竟無卷》、《楊仁山卷》。
6. 《國學常識》，56萬字，長江文藝出版社，2010年9月。

三、論文：

1. 《紅樓夢兼包并容的文化思想》，《紅樓夢學刊》1988年2期。
2. 《五臺山佛教東傳及傳播者慈藏》，《五臺山研究》1989年1期。
3. 《梁啟超人生哲學初探》，《鄭州大學學報》1989年3期。
4. 《譚嗣同經(jīng)世佛學的邏輯結構》，《中州學刊》1989年4期。
5. 《楊仁山諸宗同歸三教一體的凈土思想》，《河南教育學院學報》1989年2期。
6. 《楊度學佛的思想考察及其新佛教論的特征》，《天津社會科學》1990年5期。
7. 《梁啟超佛學思想概述》，《學術研究》1990年5期。
8. 《龔自珍佛教文化研究特征》，《晉陽學刊》1991年2期。
9. 《熊十力的本心本體論》，《西北大學學報》1991年3期。
10. 《清末民初佛教文化勃興的原因》，《哲學與文化》（臺灣）1991年10期。
11. 《近代思想家的宗教向度》，《天津社會科學》1991年3期。
12. 《讀書札記五則》，《西北大學學報》1991年2期
13. 《龔自珍學佛的思想基礎與社會基礎》，《鄭州大學學報》1991年4期。
14. 《近代佛教哲學研究》，《河北學刊》1992年1期
15. 《丘處機二入關中及全真道的發(fā)展》，《人文雜志》1992年4期。
16. 《湯用彤比較宗教學研究》，《西北大學學報》1992年2期。
17. 《章太炎的法相唯識哲學》，《哲學與文化》（臺灣）1992年6期。
18. 《儒家文化的變異與轉向》，《孔子研究》1992年4期。
19. 《湯用彤文化觀念的形成及對其學術思想的導引》，《哲學雜志》1993年1期。
20. 《吳宓的新人文主義》，《鄭州大學學報》1993年2 期。
21. 《中體西用與傳統(tǒng)文化的近代轉化》，《天津社會科學》1993年3期。
22. 《梁啟超的佛教史研究》，《學術研究》1993年2 期。
23. 《近代經(jīng)學的思想特征》，《傳統(tǒng)文化與近代化》1993年4期。
24. 《任是無情也動人——紅樓夢人生哲學》，《海南大學學報》1993年4 期。
25. 《胡適、鈴木大拙、印順禪宗史研究中之具體問題之比較》，《佛學研究》1994年3期。
26. 《中西文化論爭的文化哲學》，《湖南師大學報》1994年6期。
27. 《近代經(jīng)學的形式和內容》，《孔子研究》1994年4 期。
28. 《湯用彤學術思想概說》，《甘肅社會科學》1995年1期。
29. 《晚清佛學與近代社會思潮》，《學術研究》1995年1期。
30. 《湯用彤先生的漢唐佛教史研究》，《中西哲學與文化》第二輯，1995年。
31. 《挑戰(zhàn)與回應的百年學術》，《天津社會科學》1995年3期
32. 《佛教與二十一世紀》，《佛學研究》1995年2期。
33. 《清代學者對鬼谷子研究的貢獻》，《文獻》1996年3期。
34. 《理學與禪學》，《湖南師大學報》1996年3期。
35. 《永明延壽與宋代禪宗的綜合》，《世界宗教研究》1996年4期。
36. 《傳統(tǒng)學術的遞嬗與近代湖湘文化的崛起》，《益陽師專學報》1997年3期；《高等文科學報文摘》，1997年6月。
37. 《胡適、鈴木大拙、印順禪宗研究方法之比較》，《求索》1997年6期。
38. 《禪考及禪的現(xiàn)代詮釋》，《禪考》文史第四十五，1998年9月。
39. 《拋卻自家無盡藏，沿門乞食效貧兒——中國現(xiàn)代化困境中的非文化因素》，《中國改革報》1998年7月1日。
40. 《云門改屬的道統(tǒng)之爭》，《禪學研究》第三集，1998年11月
41. 《變徽協(xié)奏曲——近代學術統(tǒng)論》，《浙江學刊》2000年第3期；《湖南師范大學學報》2001年第2期；《中國人民大學復印資料·近代史》2000年第6期。
42. 《歐陽法相唯識宗詮》， 《中國佛學》第二卷第一期，1999年。
43. 《太虛科學唯識宗說》，《中國佛學》第三卷第一期，2000年。
44. 《光山凈居寺考》，《光明日報》2000年10月13日；《五臺山研究》2000年第2期
45. 《宗教道德與醫(yī)學倫理》，載《世紀之交的宗教與宗教學研究》，湖北人民出版社，2000年，第637頁。
46. 《中西文化的互補與趨同》，中央黨校《學習時報》2000年8月14日；《新華文摘》2000年11月。
47. 《佛教與二十一世紀》，載《佛教與歷史文化》，宗教文化出版社2000年1月，第557頁。
48. 《創(chuàng)變中的民國學術》，《浙江學刊》2001年第2期。
49. 《禪空與上帝——關于基督教與禪宗的對話》，《文化中國》（加拿大）27、28期，2001年3月。
50. 《闡釋與哲學的語言學轉向》，中央黨校《學習時報》2001年4月2日。
51. 《中國佛學非本體的本體詮釋》，《中國社會科學》2001年第6期。
52. 《孔門大乘陽明禪》，《禪學研究》第四集，2002。
53. 《宗教與宗教學新論》，《云夢學刊》2003年第2期；人大復印資料《宗教》2003年第3期。
54. 《印順禪宗思想解讀》，《曹溪禪研究》第三輯，第344頁，中國社會科學出版社，2003年10月。
55. 《禪與基督教本體論的對話——道、言與空、心》，《人文雜志》2004年第1期；《中國文化研究》2004年春之卷
56. 《中英文〈圣經(jīng)〉翻譯中本體論和人性論的文化差異》，《世界宗教研究》2004年第1期。
57. 《中國近代佛教的再思考》，《云夢學刊》2004年第5期，第26-29頁。
58. 《尢智表的佛學科學分析》，《武漢大學學報》2005年第1期。
59. 《佛教的科學分析及佛學、科學的比較研究》，《普門學報》總27期，2005年5月。
60. 《向來枉費推移力,今朝水中自在行——宋詩中禪的理趣》，《鄭州大學學報》2005年第4期。
61. 《哲學與醫(yī)學的交融性思維》，《科學時報》2005年7月4日B4版。
62. 《天人合一、心統(tǒng)萬物的儒教哲學》，《云夢學刊》2005年第6期。
63. 《拓進中的回望：美學本體論的發(fā)展歷程與終極形式》，《吉首大學學報》2005年第3期；人大復印資料《美學》2005年第11期；《中國學術年鑒》2005年優(yōu)秀論文。
64. 《宋代新儒教哲學述論》，《湖南大學學報》2006年第4期。
65. “Scientific analysis of Buddhism and a comparative study of Buddhism and science”, P.594-629, “Frontiers of Philosophy in China”, Vol.1,No.4, October 2006.
66. 《印順佛學思想解讀》，《閩南佛學》第4輯，宗教文化出版社，2006年10月。
67. 《概論宋代混融三教的文字禪》，《武漢大學學報》2006年第6期。
68. 《宗教哲學方法論的理論探索》，《中國宗教》06年10期。
69. 《宋代士大夫禪學》，《禪學研究》第6輯，2006年10月。
70. 《星云對臨濟禪的詮釋》，《普門學報》總40期，2007年7月；《禪與人間佛教》，佛光山文教基金會（臺灣），2007年4月。
71. 《宗教制度化及宗教哲學的二律悖反》，《哲學門》第14輯，北京大學出版社，2007年4月。
72. 《雍正與清初禪學之興衰》，人大復印資料《明清史》2008年第2期。
73. 《中國宗教哲學思維模式的理論探索》，《中國宗教》2007年第10期。
74. 《中國近代化與民族佛教之發(fā)顯》，《佛教學報》（韓）第47輯，2007年2月，中、韓文。
75. 《船山先生的佛學現(xiàn)量觀》，《當代中國宗教研究精選叢書（佛教卷）》，民族出版社，2008年1月，原載《衡陽師范學院學報》2006年2期。
76. 《中國近代文化的哲學解讀》，《河南社會科學》2008年第2期。
77. 《科學與理性的佛學百年》，《佛學百年》，武漢大學出版社，2008年6月。
78. 《舍利的歷史與象征》，《佛學研究》總17期，2008年。
79. 《宗教的象征與無限》，《中國宗教》2009年第9期。
80. 《慧皎與早期佛教哲學的綜合》，《禪學研究》第八輯，2010年。
81. 《雪峰義存對心性哲學的解讀》，選自《雪峰義存與中國禪宗文化》，中國社會科學出版社，2010年2月。
82. 《法顯對佛教中國化的貢獻》，選自《東晉求法高僧法顯和〈佛國記〉》，宗教文化出版社，2010年4月。
83. 《慧遠法性無性的體極論及果報哲學》，《普門學報》（臺）57期，2010年5月。
84. 《禪的現(xiàn)代詮釋》（演講），《在少林寺聽講座》上，465-488頁，上海交通大學出版社，2010年7月。
85. 《僧肇與玄學化的中國佛學》，《首屆長安佛教國際學術研討會論文集》第一卷，325-338頁，陜西師范大學出版社，2010年8月。
86. 《學術商品化批判》，《中國社會科學報》，2010年月11日。