左宗棠一生行徑，也像曾國藩、李鴻章那樣富有爭議。有人指責他殘酷鎮壓過太平天國和西北回民起義。在鎮壓西北回民起義中，左宗棠制定“剿撫兼施，以剿為主”的方略，首先要對“逆回痛予剿洗”、“痛加懲創”，并為了替被回族反叛中被屠殺的漢族報仇，對回民進行報復性屠殺。因此就有了大量對回民無分別的殺戮。尤其是在誘降后，對放下武器的回民集體屠殺。在西寧，左宗棠曾下達過見回“格殺勿論”的命令。所以左宗棠在回族人中評價極差，稱之“左屠夫”。

　　但近期以來，越來越多的史學家都認為左宗棠在中國近代史和中國的近代化上俱做過巨大貢獻的歷史名臣。尤其是在抗擊外國侵略、保衛國家領土主權完整、開發建設新疆上具有豐功偉績。

　　左宗棠最偉大的功績是抗擊沙俄，收復新疆。同治三年（1864）年6月，新疆庫車爆發農民起義，建立熱西丁政權；7月，和田建立帕夏政權；10月，伊犁建立蘇丹政權；1865年1月，浩罕國（位于今烏茲別克斯坦的浩罕市一帶）軍官阿古柏入侵新疆；3月，烏市建立清真王政權；同治十年（1871）7月，沙俄武裝強占伊犁；1872年6月，阿古柏在新疆的喀什、英吉沙、莎車、和田、阿克蘇、烏什、庫車懸掛出奧斯曼土耳其帝國國旗并發行貨幣，占領現今中國疆域六分之一的國土。也是在這個時候，光緒元年（1873），日本入侵臺灣。在這種局勢下，清廷內部爆發“海防”、“塞防”之爭，李鴻章等認為兩者“力難兼顧”，主張放棄塞防，將“停撤之餉，即勻作海防之餉”，他向慈禧太后奏曰：“新疆乃化外之地，茫茫沙漠，赤地千里，土地瘠薄，人煙稀少。乾隆年間平定新疆，傾全國之力，徒然收數千里曠地，增加千百萬開支，實在得不償失。依臣看，新疆不復，于肢體之元氣無傷，收回伊犁，更是不如不收回為好。”左宗棠則力駁李鴻章，他認為：如果丟失新疆，則這塊土地不是被西方的英國勢力，就是被北方的沙俄鯨吞，中國隨即失去西北邊防的關卡要塞和重鎮，使西北邊防無以屏障，到時中國邊防的兵力不但不能削減，反而會大大增加。從全局來看，不戰而丟新疆的后果，對內必將嚴重有損國威，喪失民心；對外也必將助長列強的侵略氣焰，不利于海防。以李鴻章的主張乃是誤國，絕不可行。當時的軍機大臣文祥為左宗棠所說服，對其全力支：“老臣以為宗棠之言深謀遠慮，上承先皇高宗之遺志，下惠子孫萬代，請陛下決策。”于是光緒皇帝和攝政的西太后下詔：“宗棠乃社稷大臣，此次西征以國事而自任，只要邊地安寧，朝廷何惜千萬金，可從國庫撥款五百萬，并敕令允其自借外國債五百萬。”授左宗棠為欽差大臣，全權節制三軍，以將軍金順為副帥，擇機出塞平叛新疆。同年5月，左宗棠以64歲的高齡，帶著當年林則徐繪制的新疆地圖踏上了西去的征程。次年4月，左宗棠坐鎮甘肅酒泉，展開收復新疆的戰斗。他“輿櫬出關”，也就是抬著棺材出了嘉峪關進駐哈密，準備以死相拼。光緒二年（1876）8月上旬，劉錦棠、金順二部清軍從阜康出發，采取聲東擊西的戰法，出奇制勝，迅速于18日收復烏市。左宗棠命劉錦棠部駐守烏市，并繼續清剿山中殘敵；命金順揮軍西進。昌吉、呼圖壁及瑪納斯北城之敵聞風潰逃。11月6日占領瑪納斯南城。1877年4月，左宗棠指揮清軍三路并進：劉錦棠部自烏市南下攻達坂；張曜部自哈密西進；記名提督徐占彪部出巴里坤，至鹽池與張曜部會師，合攻辟展、吐魯番。阿古柏見大勢已去，5月下旬于庫爾勒服毒自殺。阿古柏長子伯克R26;胡里于喀什噶爾(今喀什)稱王，企圖在英俄庇護下負隅頑抗。10月，劉錦棠部以破竹之勢，馳騁2000余里，收復喀喇沙爾、庫車、阿克蘇、烏什等南疆東四城。12月中下旬連克喀什噶爾、葉爾羌、英吉沙爾。伯克R26;胡里、白彥虎等率殘部逃入俄境。光緒四年（1878）1月2日，清軍攻克和田。至此，整個新疆除沙俄侵占的伊犁地區外，全部收復。1881年初，中俄《伊犁條約》簽訂，中國收回了伊犁和特克斯河上游兩岸領土。僅一年多時間，左宗棠就指揮西征軍，攻克了被外寇侵占的南疆八城，收復了除伊犁以外的新疆領土，這是晚清歷史上難得一見的偉大勝利，也是左宗棠一生最輝煌的業績。事畢，左宗棠上表申奏朝廷，光緒帝和攝政的西太后嘉其功，詔封二等侯爵。新疆各地也于大小村鎮建立左公祠，燒香禮拜。

　　收復新疆前后，左宗棠同時也在林則徐之后為鞏固邊疆、開發新疆做出了卓越貢獻：

　　光緒四年（1878）收復南疆八城后，隨即上疏建議新疆改設行省，以收長治久安之效。中俄《伊犁條約》簽訂后，1882年左宗棠再次向清朝政府奏請新疆建省，提出乘新疆收復伊始和西征大軍未撤之威，不失時機地建省設縣。這樣順應民心，有利于百廢待舉，恢復元氣，實行切實有效的管理。清朝政府同意后，時任新疆巡撫的劉錦棠，制訂了建省的具體方案。省會設于迪化(今烏魯木齊市)，下設鎮迪道、伊塔道、阿克蘇道、喀什噶爾道及以下設府、廳、州、縣。伊犁仍設將軍府，但不再統帥全疆的軍政事務，政治中心移至迪化。1884年11月16日，戶部奏請添設新疆巡撫、布政使各一人，除劉錦棠任巡撫外，又調甘肅布政使任新疆布政使。從此，新疆省正式建立，其行政區劃一直延續至今。