古琴曲《普庵咒》不僅是著名的佛教咒語同時也是古琴著名曲目?！镀这种洹酚置夺屨務隆?。它的樂譜最早見于明末的《三教同聲琴譜》（1592）。清代大套琵琶曲和佛教絲竹曲中也有《普庵咒》這個曲名。根據琴譜旁的梵文字母的漢字譯音來看，可能是幫助學習梵文發音的曲調。古代曾有普庵禪師，可能是本曲的作者。一說此曲為杭州隱士李永南作。全曲共十二段，段尾都接以共同的曲調，聽來回還反復，連綿不絕，在琴曲中頗有特點?！短炻勯w琴譜》評：“音韻暢達，節奏自然，令人身心俱靜，可謂平調中第一操也?！睒非褂昧溯^多的撮音，幫助音樂造成了古剎聞禪，莊嚴肅穆的氣氛。曲式上有一些類似絲竹曲中曲牌聯結的形式。其音韻暢達，節奏自然，清夜彈之，似聞暮鼓晨鐘，貝經梵語；如游叢林，如宿禪院，令人身心俱靜。

　　據現今發現的資料,清代刊載普庵咒琴曲的譜集和抄本共有二十七部。清代譜集所刊普庵咒琴曲以廿一段的〈釋談章〉為主。從《五知齋琴譜》開始，除了刊載廿一段〈釋談章〉外，還增錄了一首十三段的〈普庵咒〉。但是，此曲流傳不廣，除了與《五知齋琴譜》一脈的《自遠堂琴譜》和《襄露軒琴譜》刊載外，（兩譜亦同時刊載廿一段〈釋談章〉，全都與《五知齋琴譜》相同。）就只有道光抄本《琴學韌端》的〈普庵咒〉，和《張鞠田琴譜》的〈釋談章〉。兩曲均注明”三回九轉”,應該屬于十三段的系統。

　　這時期的《琴香堂琴譜》（二十段〈普庵咒〉），《峰抱樓琴譜》（十九段〈普庵咒〉）和《稚云琴譜》（二十段〈釋談章〉）；段數上雖然有些出入，是應該屬于廿一段系統。段數上的差別，是由于樂曲結構中，佛頭或佛尾的刪減造成。

　　在曲名上，清初大部分琴譜都延用”釋談章”為名。《五知齋琴譜》有意將廿一段琴曲稱為”釋談章”,十三段的題為”普庵咒”；但是除了《自遠堂琴譜》和《襄露軒琴譜》用外，其他琴人則不甚理會。到清中葉，琴譜集中兩曲名的混用,頗令人混淆。

　　《五知齋琴譜》的十三段琴曲〈普庵咒〉，在譜前有一題解：“參改合成，不用頭尾，三回九轉共十三段?！边@說明此曲是徐祺從〈釋談章〉節錄而成的?！?/p>

　　十三段琴曲〈普庵咒〉的旋律和節奏，基本上是和〈釋談章〉一樣。但是，它已不是單單靠指法的變化與音域的擴大來增加音樂的色彩，而是采用更有效變奏手法來加強音樂的變化。如：

　　一、〈起咒〉的【咒首】樂句以多音進復來增強旋律的起伏。
　　二、〈一回二轉〉的【合尾】，加入散音嵌襯，增添了樂曲的律動感。
　　三、〈二回一轉〉的【合尾】，強化了走手音的應用，使旋律更流暢連綿。

　　這里可以看到，十三段琴曲〈普庵咒〉雖然還保留了辭咒，但是從咒語的隨意刪削和挪動，辭咒已從”以琴伴誦”的地位退為琴曲的附庸。即使把辭咒全部除去，這部〈普庵咒〉還是可以以它生動的音樂性作為獨立的琴曲來欣賞。

　　不過，這首曲并不能得到當時琴人的關注，所以傳習不廣。直到近代，琴人才在此曲的基礎上發展出器樂化的現代琴曲〈普庵咒〉。而上面提到的音樂素材也都成了現代琴曲〈普庵咒〉音樂主題的濫觴。

　　清末,山東諸城王即甫、王心源、王秀南祖孫三代傳有一份《桐蔭山館琴譜》。后來由王秀南的女兒王鳳襄及婿張育瑾整理出版（1993年,山東文藝出版社）。其中刊有〈普庵咒〉（原題為”普庵妙諦”）,是張育瑾的演奏譜。此曲十三段，無辭咒。樂曲結構與旋律和《五知齋琴譜》所刊的相近。相信這是唯一傳習至今的十三段琴曲〈普庵咒〉了。

　　到了民國，幾首獨立于辭咒的器樂化〈普庵咒〉相繼出現。其中最具代表性的是《栩齋琴譜》的〈普庵咒〉。當代琴人查阜西、溥雪齋、張子謙、吳宗漢等演奏的，以及《北京琴會譜》都是根據此譜。這也是當今傳習最普遍的普庵咒琴曲。