明朝后期，政治日益腐敗，思想控制愈來愈加強，特別是到嚴嵩當政，宦官魏忠賢專權，特務遍地，牢房私設，不許自由講學。所以從嘉靖、萬歷以后，連續四次禁毀書院，政治對書院的干預達到了頂峰。

　　第一次是嘉靖十六年（1537年），御史游居敬上疏斥責南京吏部尚書湛若水“倡其邪學，廣收無賴，私創書院”，請求皇帝“戒諭以正人心”。嘉靖一方面慰留湛若水，一方面則令所司毀其書院。于是年四月下令罷各處私創書院。這次禁毀的矛頭，只在湛若水創辦的書院，其他各地書院仍照常活動。

　　第二次是嘉靖十七年（1538年），吏部尚書許讚，以官學不修，多建書院“聚生徒，供億科擾”，耗財擾民為借口，上奏嘉靖。嘉靖“即命內外嚴加禁約，毀其書院”，“申毀天下書院”。當時嚴嵩柄權，這次毀書院，實為宰相嚴嵩的意旨。但這次處理的大多是官辦的書院，其他書院后來照常建立，如混元、云興兩書院即建于嘉靖十七年之后。

　　這兩次禁毀書院是由于當時在朝執政的人，有許多是反對王陽明、湛若水的學者，他們對于王、湛的廣建書院，聚徒講學，妄加罪名，實是為了在政治上和學術上進行壓制。以“官學不修，別立書院”，“動費萬金，供億科擾”為借口，禁毀所有書院。但書院在當時的影響很大，聲望很高，禁是禁不住的。《野獲編》上說：“雖世宗力禁，而終不能止。”不僅如此，官方越禁，民間越辦，所以明代書院，不僅以嘉靖年間為最多，而且相當一部分是嘉靖十六年、十七年之后興辦的。

　　第三次禁毀書院是在萬歷七年（1579年）張居正執政時。張居正當國時，極力控制思想，對書院講學特別厭惡。史載：“張居正最憎講學，言之切齒。”他說：“圣賢以經術垂訓，國家以經術作人，若能體認經書，便是講明學問。何必又別標門戶，聚黨空譚。今后各提學官，督率教官生儒，務將平日所習經書義理，著實講求，躬行實踐，以需他日之用。不許別創書院，群聚徒黨，及號召他方游食無行之徒，空談廢業。”他寫信給憲長周友山，指責當時書院講學為“作偽之亂學”，“講學者全是假好學”。張居正本是徐階的弟子，但張最不喜其師的聚眾講學。因有一批官吏假托立書院講學依附徐階，實際是借此以把持郡邑。萬歷七年，常州知府施觀民搜刮民財，私創書院，張居正便借題發揮，一面將施坐罪革職，另一面即以皇帝名義詔毀天下書院，自應天府以下凡64處盡改公廨。這是明代毀廢書院最嚴厲的一次。但許多書院仍以各種方式得以保存。如安福縣復古書院，易名“三賢祠”，貴溪縣象山書院易名“象山祠”得以保存等。張居正禁毀書院的真正原因是害怕書院講學“徒侶眾盛，異趨為事”，“搖撼朝廷，爽亂名實”。至于說因為施觀民搜刮民財而禁毀書院，顯然是為掩蓋真相而尋找的一種借口。

　　張居正禁毀書院比嘉靖年間禁毀書院的規模更大，措施也更加嚴厲。然而，書院講學制度已深入人心，所以，雖禁猶存。當時確曾被毀的書院有成都大益書院等十六所；有些書院是名毀實存，仍以各種方式保存下來。說明當時不少人實不愿毀書院，但迫于張居正的政治壓力，只好采取“陽奉陰違”的策略，設法保存書院。如長沙惜陰書院、瑞州筠陽書院、江西貴溪象山書院等。還有的書院，則根本未毀，如饒陽近圣書院等。張居正于萬歷十年（1582年）死去，萬歷十一年（1583年）就復建了仁文書院，其他書院也陸續興建。所以，萬歷年間雖有張居正禁毀天下書院之舉，但萬歷年間的書院數目反而不少，在整個明代僅次于嘉靖年間，居第二位，而且名毀實存的書院多在江西。江西自南宋經元至明都是書院最盛的地區，雖在禁令，仍設法堅持復辦，足見當時書院講學影響之深，一道禁令是不可能禁毀盡的。

　　明代第四次禁毀書院，就是天啟五年（1625年）的魏忠賢禁毀東林書院，進而殃及其他書院。張居正毀書院，是痛恨講學的浮夸習氣，同時還想統一教育機構，不要又有學校，又有書院，是有一定的政治見解的，只是手段不當則已。而魏閹黨人的禁毀書院，完全出于報復，無一是處。
東林書院位于無錫城東南，原為南宋學者楊時講學之所，元代時廢止。萬歷三十二年（1604年），顧憲成、高攀龍重修書院，講學其中，諷議時政，裁量人物，深為朝中當道者所忌。天啟年間（1621—1627年），宦官魏忠賢專權，政治極度腐敗，東林學派主張“除民賊”，直斥閹黨集團，令他們惱羞成怒。當時東林書院在社會上影響極大，以致天下書院，只知東林。魏忠賢等遂疑所有書院都與東林同黨，于是在天啟五年（1625年）便下令“刊黨籍，盡毀天下書院”而且手段狠毒，牽連羅織，屢興大獄，害死許多人，名臣左光斗、楊漣等都在被害之列，東林領袖高攀龍不愿辱身于賊手，亦從容自盡。

　　閹黨毀書院至不許存留片瓦寸椽，殘酷到了極點。東林書院幾乎全部被拆毀。八月，拆毀依庸堂。依庸堂由三間硬山頂構成，是講學建筑中最有代表性的主要建筑，位于麗澤堂后，燕居廟之前，在講學建筑石牌坊至燕居廟的南北中軸線上，居于全書院建筑群中央。此堂是東林學派領地象征。當時官紳宿儒人等，凡至東林，都要先瞻仰參謁依庸堂，以為“斯文在茲”，“腳跡得入依庸堂，人生一大幸”。依庸堂被拆之際，高攀龍正被削籍回無錫家居。他家住無錫老城區南門以內之水闕巷，離東門東林書院較近。他原系朝中正二品的都察院左都御史，曾擔負著國家監察舉劾重任。在魏忠賢下令拆毀東林書院時，他向無錫地方官員通融說情，終使東林書院除依庸堂外其余大部分建筑得以保存。依庸堂拆去后，氣氛比較荒涼。但燕居廟、藏書樓、祭器室、麗澤堂、東西長廊、學舍、月河（泮池）、石牌坊、道南祠建筑尚存。書院的整體環境面貌依然，尚現出特有的古樸景象。到了天啟六年（1626年）四月，魏忠賢再次下令全部拆除東林書院，無錫知縣吳大樸接到巡按徐吉及常州府牌后，與本縣管糧縣丞并帶領匠作員役及本地耆年之民談來泰等人，到東林書院現場，實地監督執行。差役當場坐提易價，倉卒變賣。天啟六年五月初，整個東林書院被強行全部拆毀。書院田土房屋等項作價變賣后所折合得到的全部銀兩一共折銀六百三十一兩二錢，只相當于當初修復東林書院時的一半。只有道南祠因系用官資建造，屬地方祭祀先賢建筑，才沒有被拆除。東林書院被夷為一片瓦礫，連院內甬道、橋梁以及沿河古木均砍伐殆盡，其地成為殘破不堪的一處廢墟。人們在描述當時東林被毀的荒涼情景說：“碣斷碑橫”，“如逢兵燹倏成灰”。而拆毀東林書院的變價銀兩全部被“解蘇州府，協助祠工”，被用作建造魏忠賢生祠的經費了。