《勵耘書屋叢刻》 北京師范大學出版社影印本, 1982年
第一集
元西域人華化考八卷
元典章校補八卷
元典章校補釋例六卷
第二集
史諱舉例八卷
舊五代史輯本發覆三卷
吳漁山先生年譜二卷
釋氏疑年錄十二卷
清初僧諍記三卷
《陳垣史學論著選》，上海人民出版社1981年，收元也里可溫教考、開封一賜樂業教考、火祅教入中國考、摩尼教入中國考、雍乾間奉天主教之宗室、吳漁山生平、湯若望與木陳忞等論著共79篇，包括一些專著的摘錄。
《陳垣史源學雜文》，人民出版社，1980年
《陳垣集》 中國社會科學出版社 “近現代著名學者佛學文集”1995年
《陳垣來往書信集》 陳智超編注 上海古籍出版社 1990年
單行本
《校勘學釋例》（即收入《叢刻》中的《元典章校補釋例》） 中華書局1959年
《釋氏疑年錄》 中華書局1964年
《元西域人華化考》 上海古籍出版社 “蓬萊閣叢書”2000年
《中國佛教史籍概論》 科學出版社1955年，中華書局1962年，1982年，上海書店出版社2001年
《史諱舉例》 科學出版社1958年，中華書局1962年
《明季滇黔佛教考》 科學出版社1959年，中華書局1962年，河北教育出版社 “二十世紀史學名著叢書” 2000年
《通鑒胡注表微》 科學出版社1958年，中華書局1962年，遼寧教育出版社“新世紀萬有文庫”1997年
《二十史朔閏表》 中華書局1962年，1999年
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